Jeśli WIPERAPP oznacza niektóre dyski jako "zablokowane" lub "niedostępne", jest to często spowodowane ograniczeniami bezpieczeństwa, takimi jak szyfrowanie lub ochrona hasłem na poziomie oprogramowania układowego. Te środki bezpieczeństwa zapobiegają nieautoryzowanemu dostępowi, co sprawia, że konieczne jest ich wyłączenie, zanim WIPERAPP będzie mógł wykonać jakiekolwiek operacje kasowania.
Niektóre dyski są szyfrowane przy użyciu szyfrowania programowego, takiego jak BitLocker, FileVault lub VeraCrypt, lub szyfrowania sprzętowego wbudowanego w urządzenie pamięci masowej. Szyfrowanie zapobiega nieautoryzowanym modyfikacjom, co oznacza, że WIPERAPP nie może uzyskać dostępu ani wymazać danych na zaszyfrowanym dysku. Dyski z szyfrowaniem muszą zostać w pełni odszyfrowane przed ich wymazaniem. WIPERAPP uruchomi i wyczyści miękko zaszyfrowane dyski (np. dyski zaszyfrowane programowo) bez konieczności wykonywania dodatkowych czynności.
Niektóre urządzenia pamięci masowej mają ochronę hasłem na poziomie oprogramowania układowego, ograniczającą dostęp do momentu wprowadzenia poprawnego hasła. Ta funkcja bezpieczeństwa jest powszechnie spotykana w dyskach klasy korporacyjnej lub dyskach samoszyfrujących (SED). Jeśli dysk ma włączoną ochronę hasłem, WIPERAPP nie będzie w stanie go wykryć ani zmodyfikować. W takich przypadkach: